Tout a commencé en 1990, lorsque Jesper Strombald, jeune Suédois membre du groupe Ceremonial Oath, décide de quitter celui pour créer un nouveau groupe dans un style différent, lequel sera baptisé In Flames. Il appelle à l'aide ses acolytes de Ceremonial Oath, à savoir Anders Friden et Peter Iwers (Tiamat), lesquels sont rejoints par Johan Larrson et Glenn Ljungstrom.
Ces jeunes gens plein d'avenir composent une démo 3-titres, composé des titres "In Flames", "Upon An Oaken Throne" et "Clad In Shadows", que l'on retrouvera plus tard sur "Lunar Strain". La démo est envoyé au label suédois Wrong Again, qui décide de signer immédiatement le groupe, entousiasmé par l'écoute de la démo. Le groupe s'attelle alors à composer de nouveaux morceaux et c'est ainsi qu'en 1994 parait le premier album d'In Flames, "Lunar Strain".

Au travers d'influences allant d'Iron Maiden à At The Gates en passant par Running Wild, le groupe batit sa musique unique, alliant violence du chant et des rythmiques à des mélodies tout bonnement fabuleuses. Le groupe a de gros problèmes pour maintenir un line-up stable à cet époque, et c'est ainsi que c'est Mikael Stanne (Dark Tranquillity) qui chante sur la plupart des titres de "Lunar Strain", alors qu'Anders officie lui chez Dark Tranquillity. De nombreux musiciens rejoindront temporairement In Flames pour les aider à effectuer des prestations scéniques décentes, tel Mikael Stanne et Anders Jivarp (Dark Tranquillity), Anders Iwers (Tiamat), Henke Forss (Dawn), ou bien encore Daniel Erlandsson (Arch Enemy, Eucharist).
Lunar Strain est un gros succès dans l'underground, et le groupe se met alors à composer un 5-titres, "Subterranean", qui à sa sortie va faire sortir In Flames de l'underground pour rejoindre la cour des grands.

En effet, "Subterranean" leur procure immédiatement un contrat chez Nuclear Blast, le plus gros label de métal indépendant. Avec des titres comme "Stand Ablaze" (anciennement "God Of Thunder"), "Biosphere" ou l'instrumental acoustique "Timeless", In Flames asseoit son style et affirme ainsi son talent pour composer des morceaux fabuleux.
Fatigué de devoir toujours jongler entre différentes personnes pour avoir un line-up effiace, le groupe décide de demander à Anders Friden et à un certain Bjorn Gelotte (proffesseur de guitare à l'époque) de les rejoindre définitivement dans le groupe, respectivement au chant et à la batterie. Ceux-ci acceptent bien évidemment, et le groupe peut enfin se lancer dans la composition de son premier vrai album chez Nuclear Blast.

"The Jester Race" sort en 1996 et devient immédiatement un gros succès dans le monde entier, permettant au groupe d'effectuer une tournée dans toute l'Europe, ainsi qu'au Japon. Des titres tel que "Moonshield" ou "Artifacts Of The Black Rain" sont devenus des classiques du groupe, et l'album en lui-meme devient une référence pour nombre de groupes débutant à cette époque ci. Le groupe participe à différents festivals en compagnie de Samael, Grip Inc. ou encore Kreator, et apparait pour la première fois sur une home vidéo de Nuclear Blast, "Live and Plugged", comportant un concert entier de l'époque ainsi qu'une courte interview.
Tout allait donc pour le mieux, et le groupe avait déjà fini de composer le successeur de "The Jester Race", lorsque Glenn et Johan annoncent brutalement qu'ils préferent quitter le groupe, sachant qu'ils ne le consideraient pas comme leur priorité dans la vie. Jesper, Anders et Bjorn se retrouvent donc avec un album fini, mais sans bassiste ni second guitariste.

Mais fort heureusement, les 3 musiciens font appel à deux de leurs amis, Peter Iwers et Niklas Engin, lesquels acceptent de rejoindre le groupe pour une mini-tournée avec Dimmu Borgir en 1997. La tournée s'étant très bien passé, les deux petits nouveaux sont invités à rester définitivement dans le groupe, ce qu'ils acceptent. Ensemble, ils sortent donc "Whoracle", troisième vrai album du groupe, comportant lui aussi sa dose de classiques ("Jotun", "The Hive", "Episode 666").

Le groupe effectue une tournée dans toute l'Europe couronnée de succès, et enchaine avec quelques dates au Japon, ou l'accueil est très chaleureux. De retour en Suède, Niklas décide de quitter le groupe, suite à des divergences d'opinions et souhaitant se consacrer à son groupe Gardenian à plein temps (un excellent groupe au passage - NDC).
Ceci marque un tournant dans la carrière d'In Flames, car ils décident d'engager un batteur à plein temps, en l'occurence Daniel Svensson (ex-Sacrilege) et Bjorn Gelotte quitte les futs pour revenir là ou il est le plus à l'aise, à savoir la guitare. Le line-up défintif (?) est ainsi formé, et c'est avec une motivation nouvelle que les 5 Suédois repartent en studio pour enregistrer "Colony", le successeur de "Whoracle".

Un vrai esprit de camaraderie s'est installé dans le groupe, et c'est dans un climat propicde que sort "Colony" en 1999, qui constitue un gros succès, battant les records de ventes précédents. Le "Colonization Tour" embarque les In Flames pour une tournée mondiale, en compagnie de leurs amis de Dark Tranquillity, d'Arch Enemy et de Children Of Bodom, bref l'affiche revée de tout métalleux qui se respecte :) La tournée est sold-out sur pratiquement toutes les dates, et emmène le groupe en Europe, au Japon et pour la première fois aux Etats-Unis, ou ils recoivent un accueil très favorable! De retour de tournée, le groupe boucle en 3 mois un nouvel album "Clayman", qui sort en 2000 et bat les records de ventes de "Colony" en peu de temps.

Le groupe partice à différents festivals (Wacken, Gods Of Metal,...) en compagnie de Slayer, Dream Theater, Slipknot et d'autres asseoit définitivement leur notoriété, et ce pour longtemps. Jesper reçoit une récompense du magazine japonais BURRN! en tant que compositeur de l'année, et le groupe est reçu une fois de plus en grande pompe au Japon, ou ils juent dans des salles bien plus importantes que sur la tournée de "Whoracle". Peter Iwers quitte à ce moment là le groupe, car il vient de venir papa et veut s'occuper de sa fille, c'est pourquoi Dick Lowgren (Armageddon) le remplace sur la tournée qui s'ensuit.

Le groupe donnera quelque chose comme 150 concerts en 2000 pour le "Clayman Tour", et ils décident de prendre un repos bien mérité début 2001. Ils tournent le clip de "Only For The Weak", qui est diffusée un peu partout, entretemps Peter Iwers rejoint le groupe, et ils entreprennent une mini-tournée dans leur pays natale la Suède, avec notamment un cocert en tete d'affiche chez eux à Gothenburg, lequel sera retransmis par 4 chaines de télévisions et sur une radio en live. Finalement le groupe part à l'été 2001 pour quelques festivals, dont une date au Wacken devant 20 000 personnes qui est un triomphe, et dans le meme temps sort en Aout 2001 le live "Tokyo Showdown", un témoignage live de ce qu'est In Flames en live.

Le groupe effectue sa seconde tournée américaine de l'année à la rentrée 2001, qui est de nouveau un succès, et s'enferme ensuite en studio pour enregistrer le successeur de "Clayman", attendu avec impatience par leurs très nombreux fans...